موضوع مشارکت جکسون در سونیک ۳ سال‌ها به طور گسترده در فضای مجازی مورد بحث بوده است، زیرا اعتقاد بر این است که برخی از آهنگ‌های این بازی توسط مایکل جکسون فقید ساخته شده‌اند اما در بازی نامی از او برده نشده است. کمپانی سگا هرگز به طور رسمی دخالت جکسون را در این بازی تایید نکرده است. این در حالی است که افراد مختلف در طول سال‌ها صحبت‌های متناقضی در این باره انجام داده‌اند. با این حال به نظر می‌رسد که انتشار توئیتی توسط ناکا که به تغییرات اخیر موسیقی در Sonic Origins اشاره می‌کند، این سوال را یک بار برای همیشه پاسخ داده است.
ناکا یکی از برنامه‌نویسان سونیک ۳ بود و همچنین به عنوان تهیه‌کننده روی این بازی فعالیت داشت، بنابراین او به طور قطع می‌داند که آیا جکسون در ساخت موسیقی برای بازی نقش داشته است یا خیر. توییت او به تغییرات ایجاد شده در Sonic Origins اشاره دارد. این بازی که شامل بازسازی چهار نسخه‌ی اول سری سونیک است، به تازگی روی کنسول‌های نسل هشتم و نهمی ایکس‌باکس، پلی‌استیشن، نینتندو سوییچ و رایانه‌های شخصی در دسترس قرار گرفته است. با این حال به نظر می‌رسد که نسخه‌ی سوم از موسیقی‌های نسخه‌ی اصلی استفاده نمی‌کند.
ناکا در توییتی بیان کرد که علی‌رغم اینکه سگا از موسیقی‌های مایکل جکسون در نسخه‌ی سوم استفاده کرده، با این حال آن‌ها را در نسخه‌ی بازسازی شده تغییر داده است. در واقع موسیقی‌های جکسون با نسخه‌های بازسازی شده از آهنگ‌هایی که قرار بود قبل از حضور او در پروژه استفاده شود، جایگزین شده‌اند.
اولین بحث گسترده در مورد مشارکت جکسون در سونیک ۳ در سال ۲۰۰۶ با ویدیویی از یک یوتیوبر شکل گرفت که شباهت‌های بین آهنگ‌های متعدد بازی و موسیقی‌های جکسون را نشان می‌داد. این ویدئو به دنبال مصاحبه‌ای در سال ۲۰۰۵ با راجر هکتور منتشر شد. مدیر سابق بخش فنی سگا ادعا کرد که مایکل جکسون توسط سگا برای آهنگسازی بازی سونیک ۳ استخدام شده بود، اما پس از اولین اتهامات سوء استفاده‌ی جنسی، موسیقی‌های او از بازی پاک شده‌اند. با این حال یوتیوبر ذکر شده ادعا کرد که موسیقی‌های او پاک نشده‌اند. در واقع گفته شده بود که موسیقی تیتراژ پایانی بر اساس آهنگ Stranger in Moscow ساخته شده است.
در سال ۲۰۰۹، برد باکسر به عنوان فردی که سال‌ها با جکسون کار کرده است، ادعا کرد که او در سال ۱۹۹۳ به مدت چهار هفته روی موسیقی متن بازی کار کرده است، اما سگا هرگز آن را به طور رسمی تایید نکرده و مدیران برجسته‌ی این کمپانی از جمله تام کالینسک اعلام کرده‌اند که اطلاعی از این موضوع نداشته‌اند.
گفتنی است که نسخه‌ی رایانه‌های شخصی بازی در سال ۱۹۹۷ از موسیقی‌های جایگزین استفاده کرده بود. مشخص نیست که آیا آهنگ‌های جکسون به دلیل مسائل قانونی حذف شده‌اند یا صرفا به این دلیل بوده که پورت رایانه‌های شخصی از استاندار MIDI استفاده کرده و از نمونه‌های صوتی استفاده شده در نسخه‌ی اصلی پشتیبانی نمی‌کند. با این حال، یک نسخه‌ی اولیه از سونیک ۳ در سال ۲۰۱۹ کشف شد که حاوی همان موسیقی‌های اصلی بازی ساخته‌ی مایکل جکسون بود.